Suivi des communautés microbiennes en Seine comme reflets des pressions anthropiques

La Seine, le plus important fleuve de France et l’un des plus fortement impactés par les activités humaines, abrite une grande biodiversité, notamment une abondance et une diversifié des micro-organismes. Étroitement liées aux paramètres physico-chimiques, les communautés microbiennes jouent un rôle crucial dans son fonctionnement et sont sensibles aux variations environnementales telles que celles du pH, de la température, des concentrations en nutriments et à la présence de contaminants. La diversité des communautés microbiennes est un bon indicateur de l’état écologique et du bon fonctionnement des écosystèmes. Dans le cadre de cette étude, la qualité des eaux de la Seine, de la Marne et de l’Oise a été étudiée en s’appuyant sur la caractérisation de leur diversité microbienne. Les résultats montrent que la Seine présente un profil caractéristique d’une diversité microbienne similaire à celle observée dans d’autres rivières urbaines, contribuant à une large gamme de fonctions écologiques. Les principaux phyla sont les Proteobacteria, les Actinobacteria, Bacteroidota et Firmicutes. Des variations temporelles de l’abondance relative des différents groupes microbiens ont été observées, soulignant l’influence des conditions environnementales, en particulier la température et le débit. De plus, les résultats d’expérimentations réalisées en laboratoire en conditions contrôlées montrent que cette diversité présente une capacité de résilience face à l’apport de effluents de station d’épuration (STEP) traités à l’acide performique. Les résultats de cette étude ont permis d’établir un état de référence de la diversité microbienne en Seine, qui permettra dans le futur de suivre son évolution, notamment avec la mise en place généralisée de la désinfection des effluents de STEP.

The Seine, France’s largest river and one of the most heavily impacted by human activity, is home to a wealth of biodiversity, including an abundance and diversity of microorganisms. Closely linked to physico-chemical parameters, microbial communities play a crucial role in the river’s functioning, and are sensitive to environmental variations such as pH, temperature, nutrient concentrations and the presence of contaminants. The diversity of microbial communities is a good indicator of the ecological status and proper functioning of ecosystems. As part of this study, the quality of the waters of the Seine, Marne and Oise rivers was examined by characterizing their microbial diversity. The results show that the Seine has a microbial diversity profile similar to that observed in other urban rivers, contributing to a wide range of ecological functions. The main phyla are Proteobacteria, Actinobacteria, Bacteroidota and Firmicutes. Temporal variations in the relative abundance of different microbial groups were observed, highlighting the influence of environmental conditions, particularly temperature and flow. In addition, the results of laboratory experiments under controlled conditions show that this diversity is resilient to the input of performic acid-treated wastewater treatment plant (WWTP) effluent. The results of this study have enabled us to establish a baseline of microbial diversity in the Seine, which will enable us to monitor its evolution in the future, particularly with the widespread introduction of disinfection of WWTP discharges.