Impact des épandages de produits résiduaires organiques sur l’évolution d’indicateurs de résistances aux antimicrobiens

Dans le cadre du projet Perséphone, l’évolution de la résistance aux antibiotiques a été étudiée lors de l’épandage de produits résiduaires organiques (PRO) d’origines urbaine et agricole sur des parcelles de sol placées dans des lysimètres. Ces PRO comprenaient des boues de la station de traitement des eaux usées de Bellecombe (F), ainsi que des lisiers d’une exploitation agricole voisine. Ces PRO sont susceptibles de contenir des résidus médicamenteux dont des antibiotiques issus des soins humains et vétérinaires, des bactéries résistantes pathogènes ou non, pouvant participer à la dissémination de l’antibiorésistance dans l’environnement. Au cours de quatre campagnes de prélèvement réalisées sur des périodes de cinq à sept mois, les sols des différents lysimètres ont été analysés selon quatre tranches de profondeur sur une épaisseur d’un mètre. L’évolution de l’antibiorésistance a été évaluée par la quantification de l’abondance relative des intégrons de résistance, ainsi que par la recherche de gènes de résistance et d’éléments génétiques mobiles. Nos résultats montrent que, aux doses agronomiques appliquées, l’épandage des différents intrants ne semble pas modifier les profils de résistance dans les sols étudiés. En revanche, des essais menés avec des doses multipliées par cinq ont révélé des modifications des profils de résistance en surface. Par ailleurs, aucune corrélation robuste n’a pu être établie entre la saisonnalité ou la dose épandue et l’abondance relative des intégrons de classe 1. Dans les conditions expérimentales et analytiques testés, les épandages de PRO ne modifient pas notoirement le microbiome et le resistome des sols testés.

As part of the Perséphone project, the evolution of antibiotic resistance was studied during the application of organic waste products (OWP) on agricultural soils installed in lysimeters. These OWP included biological sludge from the Bellecombe wastewater treatment plant, as well as manure from a nearby farm. They are likely to contain pharmaceutical residues, including antibiotics from human and veterinary care, as well as resistant bacteria, both pathogenic and non-pathogenic, which could contribute to the dissemination of antibiotic resistance in the environment. During four sampling campaigns conducted over five to seven months periods, the soil of the lysimeters were analyzed according to four height strata over a one-meter total depth. The evolution of antibiotic resistance was assessed by quantifying the relative abundance of resistance integrons, as well as by searching for resistance genes and mobile genetic elements. Our results show that, at the applied agronomic doses, the application of the various inputs does not appear to modify the resistance profiles in the studied soils. In contrast, trials conducted with doses multiplied by five revealed changes in surface resistance profiles. Furthermore, no robust correlation was found between seasonality or the applied dose and the relative abundance of class 1 integrons. In the experimental and analytical conditions tested, the application of PRO does not notably alter the microbiome and resistome of the tested soils.