Les amibes libres sont des micro-organismes eucaryotes omniprésents dans les réseaux d’eau naturels et anthropiques. Bien que les amibes libres soient rarement décrites comme directement pathogènes pour l’homme, elles sont considérées comme un réservoir permettant la persistance et la propagation de bactéries pathogènes et indésirables dans les réseaux d’eau. Ce constat justifie ainsi la nécessité de mieux comprendre la dynamique des populations amibiennes dans le contexte de l’approvisionnement en eau potable. Alors que leur présence dans les réseaux d’eau potable est largement documentée, l’écologie de ces micro-organismes dans ce type d’environnement reste à ce jour très peu décrite. Sur la base d’une campagne de prélèvement d’eau couvrant le réseau d’eau potable de la ville de Paris, sur une période d’un an, la présence et la composition des communautés amibiennes, ainsi que l’ensemble des bactéries en association avec ces dernières (désignées comme leur microbiome) ont été caractérisés par pyroséquençage. La collection de divers paramètres physico-chimiques tels que l’origine de l’eau, la température, le pH et la concentration en chlore, a permis de mettre en évidence le fort impact de ces facteurs abiotiques dans la composition et la dynamique des communautés amibiennes omniprésentes au sein du réseau d’eau potable étudié.

Free-living amoebae are unicellular eukaryotes colonizing ubiquitously natural and man-made water systems. While most free-living amoebae are essentially harmless to humans, many widespread amoebae genera have been described as able to shelter potentially pathogenic bacteria, helping thus the protection and propagation of some of these unwanted bacterial pathogens in drinking water networks. Although the presence of free-living amoebae within drinking water networks is now well documented, their ecology in such environments remain poorly explored. On the basis of a sampling campaign performed on Paris drinking water network, the presence as well as the community composition of both free-living amoebae and their associated bacteria (the so-called microbiome) were characterised using pyrosequecing. The simultaneous gathering and analysis of physicochemical parameters such as water origin, temperature, pH and chlorine concentration allowed us to put in evidence their strong impact on the ubiquitous free-living amoeba community.