Au sein du genre Norovirus (NoV), le développement des outils de détection a permis de caractériser des souches et génogroupes (G) infectant l’homme (GI et GII majoritairement), les porcs (sous-groupe GII.11) ou les bovins (GIII). La spécificité d’hôte de ces virus suscite un intérêt pour étudier leur occurrence tant sur le plan environnemental que sanitaire. Une étude a été réalisée dans deux secteurs conchylicoles bretons soumis à une pression d’élevage importante (l’Aber Benoît et l’estuaire de Daoulas). Les particules virales ont été concentrées à partir de divers échantillons de l’environnement et les acides nucléiques extraits selon des protocoles identiques. Le contrôle des différentes étapes permet une approche quantitative après détection par RT-PCR en temps réel. Dans les eaux de rivières, les NoV GI ont été détectés dans 7% des échantillons, les NoV GII dans 24%, et les NoV GIII dans 14%. Ces virus sont trouvés à des concentrations allant de 120 à 120 000 copies d’ARN/L d’eau. Dans les coquillages, les NoV GI et GII étaient présents respectivement dans 4% et 21% des échantillons, et les NoV GIII dans 2% (les concentrations variant de 5 à 310 copies d’ARN/g). La présence et la distribution des différentes souches dans les eaux et les coquillages sont en relation avec les rejets et les activités sur le bassin versant. Ainsi, la présence de NoV bovin est observée en aval de sous-bassins où cet élevage est dominant. Par ailleurs, l’absence de détection de NoV porcin dans les échantillons s’expliquerait par le faible portage de ce virus dans les élevages locaux, et une plus grande maîtrise des rejets des élevages hors-sol. Si l’on tient compte des aspects épidémiques, ces virus peuvent être de bons candidats pour la recherche de l’origine des sources, compte tenu de la spécificité des souches, de la performance des techniques (limite de détection optimisée) et de la persistance importante de ces virus dans l’environnement et en particulier dans les coquillages.

Within Norovirus (NoV) genus, molecular typing has made possible the characterization of strains that infect human (mainly belonging to genogroups (G) I and II), porcine (cluster GII.11) or bovine (GIII) individuals. Considering virus host specificity, charac terization of these viruses may present a major interest in evaluating environmental contamin ation. A study was conducted within two areas located in Brittany, France of both high cattle density and high-density oyster breeding. Viral particles have been concentrated from various environmental samples and nucleic acids purified using the same protocols, including extraction efficiency control and absence of inhibitors. After amplification using one-step real time RT-PCR targeting highly conserved sequences, a quantitative approach was carried. In surface waters, NoV GI were detected in 7% of the samples, NoV GII in 24% and NoV GIII in 14%, with a range of concentration from 120 to 12 000 RNA copies/L. In shellfish samples 4%, 21% and 2% of samples were detected positive for NoV GI, GII and GIII respectively with concentrations from 5 to 310 RNA copies/g of digestive tissues. Detection and concentration of various genogroups may be linked to sewage and farming activity. For example, bovine NoV was detected in an area hosting farms. No porcine NoV was detected neither in the environment samples nor in stool samples, suggesting a low circulation of theses viruses among the local pig population. This study demonstrated that these viruses may constitute a good tool to identify local contamination and to trace the origin of viral contamination. Considering the specificity and sensitivity of the methods developed and the long persistence of these viruses in the environment or within shellfish tissues, they may be useful in source tracking analysis.