Les contaminations fécales des eaux et des coquillages induisent des risques pour la santé humaine et des pertes économiques liées, entre autres, aux interdictions de baignade et à la fermeture des zones de conchyliculture. La réduction des apports à l’origine de cette contamination est facilitée par une identification précise des sources (humaines ou animales) qui peut aussi servir à hiérarchiser les mesures à adopter en cas de besoin. De nombreux marqueurs ont été proposés à ce titre durant les deux dernières décennies. Ils correspondent :

• à des micro-organismes (bactéries, virus ou bactériophages) mis en évidence par des approches culturales, biochimiques ou moléculaires;

• à des molécules chimiques présentes naturellement dans les fèces ou associées à l’une des sources de pollution;

• et à la mise en évidence de cellules spécifiques de l’hôte dissimulées dans les matières fécales.

Cet article présente ces différentes méthodes d’identification des sources de contaminations fécales en décrivant leur utilisation et la nature des résultats qu’elles permettent d’obtenir. Le principal corollaire de cette revue bibliographique est qu’il semble nécessaire de coupler différents marqueurs pour pouvoir identifier les sources.

Fecal contamination of water and shellfish involves risks to human health and economic losses due, among other things, to swimming bans and closure of shellfish areas. Reducing contributions at the origin of this contamination is facilitated by an accurate identification of sources (human or animal) that can be used to prioritize measures to adopt if necessary. Many markers have been proposed as such in the past two decades. They correspond:

• to micro-organisms (bacteria, viruses, or bacte – to micro-organisms (bacteria, viruses, or bacteriophages)

• highlighted by cultural approaches, biochemical or molecular;

• to chemical molecules naturally present in faeces or associated with one of the pollution sources;

• and in the detection of specific host cells hidden in the feces.

This paper presents different methods of identifying sources of faecal contamination in describing their use and the results they deliver. The main corollary of this review is that it seems necessary to combine different markers to identify the sources.