Les épidémies nécessitent un suivi d’indicateurs fiables et pertinents, afin d’éclairer les prises de décisions sanitaires. Durant la pandémie de SARS-CoV-2, le suivi de la dynamique virale au sein de la population par les approches individu-centrées s’est révélé complexe et fortement influencé par les porteurs asymptomatiques et les modifications de la politique de dépistage. Dans ce contexte, d’autres indicateurs de suivi épidémiologique global ont été très rapidement proposés. La quantification du virus dans les eaux usées, via des outils de biologie moléculaire, s’est très vite révélée comme un indicateur de suivi de l’épidémie de Covid-19 novateur et objectif. Cette « épidémiologie par les eaux usées » (WWBE pour wastewater-based epidemiology en anglais) dont la pertinence avait été démontrée quelques années auparavant, est à présent un outil complémentaire de suivi épidémiologique. Cet indicateur est recommandé par l’Union européenne depuis mars 2021. Le consortium Obépine, regroupant des équipes de recherche interdisciplinaires a, dès le début de l’épidémie, travaillé sur cette thématique afin d’approfondir et de maîtriser cet outil. Ce consortium de recherche est également à la base du réseau de surveillance national français de l’épidémie via les eaux usées. Les méthodes de mesures, encore en cours d’optimisation dans les laboratoires de recherche, nécessitent néanmoins de grandes précautions dans leur mise en oeuvre et leur interprétation
pour un usage de routine. À travers l’exemple du programme de recherche et du réseau construit par Obépine, nous aborderons ici les différentes étapes nécessaires à la constitution de ce suivi épidémiologique via les eaux usées. Différentes étapes nécessaires à sa maîtrise sont présentées ici ainsi que les premiers enseignements à retenir.

Epidemics require the monitoring of reliable and relevant indicators to inform health care decision making. During the SARS-CoV-2 pandemic, the monitoring of viral dynamics in the population by individual-centered approaches proved to be complex and strongly influenced by asymptomatic carriers and changes in screening policy. In this context, other indicators for global epidemiological monitoring were proposed. Quantification of the virus load in wastewater, using molecular biology tools, quickly emerged as an innovative and objective indicator for monitoring the Covid-19 epidemic. This "wastewater-based epidemiology" (WWBE), whose relevance had been demonstrated a few years earlier, is now a complementary tool for epidemiological monitoring. This indicator is recommended by the European Union since March 2021. The Obépine consortium, which brings together interdisciplinary research teams, has been working on this topic since the beginning of the epidemic in order to develop and master this tool. This research consortium is also the basis of the French national surveillance network of the epidemic via wastewater. The measurement methods, still being optimized in research laboratories, nevertheless require great precautions in their implementation and interpretation for routine use. Through the example of the research program and the network built by Obépine, we will discuss the different steps necessary to set up this epidemiological monitoring via wastewater. The different steps necessary for its mastery are presented here as well as the first lessons to be learned.